Dual Destinies ist ein Sequel zu Apollo Justice und behandelt unter anderem die Rückkehr von Phoenix Wright
Dual Destinies spielt ein Jahr nach den Ereignissen von Apollo Justice und beginnt mit einem Bombenanschlag auf das Gericht. Dabei wird Apollo schwer verwundet woraufhin Phoenix für ihn einspringt. Dieser hat zwar sieben Jahre lang nicht mehr als Verteidiger gearbeitet, aber dank Apollo wurde sein Name reingewaschen wodurch er seinen alten Beruf endlich wieder aufnehmen kann.
Allerdings ist Phoenix Wright nicht der einzige Protagonist, auch wenn der Titel das einem weißmachen will. Nachdem der Bombenanschlag aufgeklärt wurde springt die Handlung einige Monate zurück und man darf wieder mit Apollo Justice sowie seiner neuen Partnerin Athena Cykes Fälle lösen. Athena bringt dabei auch ein neues Gameplay-Element mit sich, die sogenannte Mood-Matrix. Damit lassen sich die Emotionen von Verdächtigen analysieren und auf Fehler untersuchen. Spricht die Person zum Beispiel von einem traurigen Ereignis aber zeigt keine entsprechende Reaktion, so entspricht die Aussage vermutlich nicht der Wahrheit.
Phoenix' Magatama und Apollos Armband kommen ebenfalls zum Einsatz, allerdings nicht ganz so oft.