The VII Enigma ist eine Zeitreise Visual Novel die in einer Version unserer Welt spielt in der Billionen von Menschen von einer furchtbaren Pandemie dahingerafft wurden, die zu spät besiegt wurde als dass die Überlebenden den Untergang der menschlichen Zivilisation hätten aufhalten können. Im Gegensatz zu ähnlichen Zeitreise Stories geht es allerdings nicht darum die Pandemie zu stoppen, da dies mittels Zeitmanipulation bereits passiert ist.
Um die Menschheit zu retten wurde allerdings das Bureau of Safety Controls (BOSC) gegründet, dessen Anführer daraufhin beschlossen haben die Menschheit mit der selben Technologie zu unterjochen die sie einst gerettet hat. Sprich sie haben angefangen die Tempus Maschinen zu missbrauchen um die Vergangenheit zu ihrem Vorteil zu manipulieren. Und das nicht nur ein- oder zwei Mal, sondern vermutlich über hunderte oder tausende Loops hinweg, in denen sie verschiedenste Methoden ausprobiert haben um jeglichen Widerstand im Keim zu ersticken.